ماچو پیچو در حدود سال 1450در ارتفاعات امپراطوری اینکاها ساخته شده‌است. این شهر در حدود ۱۰۰ سال بعد، در پی پیروزی امپراطوری ، متروک شد.
این دژ در ۵۰مایلی (۸۰کیلومتریِ) کوسکو، پایتخت اینکاها، قرار دارد و به همین دلیل هرگز مانند سایر شهرهای اینکاها پیدا و ویران نشده‌است. در طول قرن‌ها، جنگل‌های اطراف این مجموعه رشد کرده و آن را پوشانده‌است و به همین دلیل از نظرها پنهان مانده‌است و تنها عدهٔ معدودی از وجود آن اطلاع داشته‌اند. در بیست و چهار ژوئیه سال 1911میلادی، ماچو پیچو به‌وسیلهٔ هیرام بینگهام سوم، تاریخ‌شناس آمریکایی، در یک سخنرانی در دانشگاه ییل به دنیای غرب معرفی شد. او به‌وسیلهٔ راهنمایی محلیانی که گه‌گاه به سایت مراجعه می‌کردند به آنجا هدایت شد. بینگهام مطالعات باستان‌شناسی را انجام داد و تحقیقاتش را دربارهٔ آن محل کامل کرد و آن را «شهر گمشدهٔ اینکاها» که نام اولین کتابش نیز بود، نامید. او هرگز اعتباری برای کسانی که او را به آن محل راهنمایی کردنند قائل نشد و آن را یک شایعهٔ محلی نامید.
بینگهام در حال جستجو برای یافتن شهر ویکتوس آخرین پناهگاه و موضع ایستادگی اینکاها در دوران تسلط اسپانیا بر پرو بود. در سال ۱۹۱۱ میلادی، بعد از سال‌ها کاوش و سفر در حوالی منطقه، او توسط کواِن‌چوآنز (بهاسپانیایی: Quechuans) که در ماچو پیچو و در زیرساخت‌های اصلی شهر زندگی می‌کرد به دژ هدایت شد. او چندین سفر دیگر انجام داد و حفاری‌هایی را نیز در سایت در حوالی سال 1915 میلادی هدایت کرد. او کتاب‌ها و مقالاتی دربارهٔ کشف ماچو پیچو نوشت.
سیمون ویسبارد، کاوشگر قدیمی کوسکو، مدعی می‌باشد که انریک پالما، گابینو سانچز و آگوستین لیزاراگا که نام‌هایشان بر روی یکی از صخره‌ها در آنجا در تاریخ ۱۴ ژوئیه سال ۱۹۰۱ میلادی حک شده‌است قبل از بینگهام آنجا را کشف کرده‌بودند. همچنین، در سال ۱۹۰۴ میلادی یک مهندس به نام فرانکلین ظاهراً اشاره‌ای به خرابه‌ها از فاصلهٔ دور داشته‌است. بنا بر ادعای خانوادهٔ پِین، او به توماس پین ، مبلغ مذهبی که در آن مکان زندگی می‌کرده‌است، دربارهٔ این محل گفته‌است. در سال ۱۹۰۶ میلادی، پین و مبلغی دیگر به نام استوارت ای مک نارین (۱۸۶۷ تا ۱۹۶۵ میلادی) ظاهراً به محل خرابه‌ها صعود کرده‌اند.
در سال 1913 این مکان بعد از اینکه (به انگلیسی: National Geographic Society) بحث‌های ماه آوریل را بطور کامل به آن اختصاص داد شهرت بسیاری پیدا کرد. در سال ۱۹۸۱ میلادی منطقه‌ای به وسعت ۳۲۵٫۹۲ کیلومتر مربع که ماچو پیچو را احاطه کرده‌بود جزء میراث تاریخی پرو به ثبت رسید. این منطقه تنها به این خرابه‌ها محدود نمی‌شد بلکه شامل مناظر طبیعی منطقه‌ای نیز می‌شود.
ماچو پیچو به‌عنوان unesco در سال 1983 میلادی به ثبت رسید؛ و این منطقه «یک شاهکار خالص معماری و نشانه‌ای منحصربه‌فرد از تمدن اینکاها» نامیده شد. این اثر هم‌اکنون به عنوان یکی از عجایب هفتگانه جدید شناخته می‌شود.
